K-Dense-AI

Estrutura de otimização multiobjetivo com NSGA-II, NSGA-III, MOEA/D, frentes de Pareto e tratamento de restrições. Ideal para problemas de projeto e otimização em engenharia, utilizando benchmarks como ZDT e DTLZ.

Gerenciamento abrangente de citações para pesquisa acadêmica, permitindo buscar artigos no Google Scholar e PubMed, extrair metadados, validar citações e gerar entradas BibTeX. Utilize esta skill para encontrar artigos, verificar citações, converter DOIs ou garantir a precisão das referências em textos científicos.

Integração de API para cadernos de laboratório eletrônicos. Acesse cadernos, gerencie entradas/anexos, faça backup de cadernos e integre com Protocols.io/Jupyter/REDCap para fluxos de trabalho programáticos de ELN.

Framework de computação quântica do Google. Ideal para hardware Google Quantum AI, design de circuitos sensíveis a ruído e experimentos de caracterização quântica, focando em modelagem de ruído e design de circuitos de baixo nível.

Infere redes reguladoras gênicas (GRNs) a partir de dados de expressão gênica usando algoritmos escaláveis (GRNBoost2, GENIE3). É útil na análise de dados transcriptômicos (RNA-seq em massa, de célula única) para identificar relações entre fatores de transcrição e genes-alvo, suportando computação distribuída para grandes conjuntos de dados.

Converte arquivos e documentos de escritório para Markdown. Suporta PDF, DOCX, PPTX, XLSX, imagens (com OCR), áudio (com transcrição), HTML, CSV, JSON, XML, ZIP, URLs do YouTube, EPubs e muito mais.

Consulte programaticamente o CELLxGENE Census (mais de 61 milhões de células) para obter dados de expressão em tecidos, doenças ou tipos de células do maior atlas de célula única curado. É ideal para consultas em escala populacional e comparações de atlas de referência.

Esta skill demonstra o uso da API Adaptyv Bio Foundry e do SDK Python para design, submissão e recuperação de resultados de experimentos de proteínas, incluindo ensaios de ligação, triagem, BLI/SPR e termoestabilidade, sendo acionada por palavras-chave relevantes ou importações de código.

Esta skill oferece a estrutura de dados para matrizes anotadas em análise de célula única, ideal para arquivos .h5ad ou integração com o ecossistema scverse. Para fluxos de trabalho de análise, use scanpy; para modelos probabilísticos, scvi-tools; e para consultas em escala populacional, cellxgene-census.

Biblioteca Python essencial para fluxos de trabalho de astronomia e astrofísica que necessitam das APIs do Astropy, incluindo unidades/quantidades, coordenadas, E/S FITS, tabelas, sistemas de tempo, WCS e cosmologia. Utilize ao implementar ou depurar código de análise de dados astronômicos com Astropy.

Observa a tela do usuário via screenpipe para detectar fluxos de trabalho de pesquisa repetidos, comparando-os com habilidades de agente científico existentes e elaborando novas para padrões não cobertos. Use esta skill quando o usuário solicitar a análise de seu trabalho recente e a proposição de habilidades com base em suas atividades reais.

Integração do Benchling Python SDK e da API REST para entidades de registro, inventário, entradas ELN, fluxos de trabalho, Benchling Apps e consultas ao Data Warehouse. Utilize para automatizar dados de laboratório com o benchling-sdk ou a API v2.

Use esta skill para trabalhar com conjuntos de dados Brain Imaging Data Structure (BIDS), incluindo a organização de dados de neurociência e biomédicos, consulta de layouts, validação de conformidade, conversão de DICOM para BIDS e criação de derivados BIDS.

Um kit de ferramentas abrangente de biologia molecular para manipulação de sequências, análise de arquivos (FASTA/GenBank/PDB), filogenética e acesso programático ao NCBI/PubMed. Ideal para processamento em lote, pipelines de bioinformática personalizados e automação de BLAST.

Uma interface Python unificada para mais de 40 serviços de bioinformática, ideal para consultar múltiplos bancos de dados como UniProt, KEGG, ChEMBL e Reactome em um único fluxo de trabalho com uma API consistente. É excelente para análise entre bancos de dados e mapeamento de IDs entre serviços.

Esta skill orquestra a análise completa de RNA-seq em massa, processando leituras FASTQ brutas desde o controle de qualidade e corte até o alinhamento e quantificação para montar uma matriz de contagens em nível de gene. Em seguida, realiza expressão diferencial, enriquecimento de vias e gera figuras para publicação.

Gera documentos profissionais de suporte à decisão clínica (CDS) para pesquisa farmacêutica e clínica, abrangendo análises de coortes de pacientes (estratificadas por biomarcadores com resultados) e relatórios de recomendação de tratamento (diretrizes baseadas em evidências com algoritmos de decisão). Suporta classificação de evidências GRADE, análise estatística e integração de biomarcadores.

Crie relatórios clínicos abrangentes, como relatórios de caso, diagnóstico, ensaios clínicos e documentação do paciente. Oferece suporte completo com modelos, conformidade regulatória (HIPAA, FDA, ICH-GCP) e ferramentas de validação.

Modelagem metabólica baseada em restrições (COBRA) abrange FBA, FVA, nocautes genéticos, amostragem de fluxo e modelos SBML para análise em biologia de sistemas e engenharia metabólica.

Execute uma deliberação do Conselho Mental com múltiplas perspectivas sobre qualquer questão, decisão ou desafio criativo, oferecendo diversos pontos de vista e auxiliando na resolução de problemas complexos.

Computação distribuída para fluxos de trabalho pandas/NumPy maiores que a RAM, escalando código existente além da memória ou entre clusters. Ideal para processamento paralelo de arquivos, ML distribuído e integração com pandas.

Pesquise 78 bancos de dados públicos científicos, biomédicos, de ciência de materiais e econômicos via APIs REST, abrangendo áreas como física, química, biologia e materiais.

ML molecular para previsão de propriedades (ADMET, toxicidade) usando diversos featurizers e conjuntos de dados pré-construídos, suportando ML tradicional ou GNNs. É excelente para experimentos rápidos com modelos pré-treinados e featurização extensiva, frequentemente utilizando benchmarks do MoleculeNet.

Kit de ferramentas de análise NGS para conversão de BAM para bigWig, controle de qualidade (correlação, PCA, fingerprints) e visualização de dados de ChIP-seq, RNA-seq e ATAC-seq através de heatmaps/perfis (TSS, picos).

Extraia padrões cognitivos e impressões digitais de pensamento de qualquer texto. Use esta skill para analisar como alguém pensa, entender o estilo cognitivo, perfilar padrões de escrita ou fala, ou comparar estilos de pensamento entre pessoas.

DNAnexus é uma plataforma de genômica em nuvem para construir aplicativos/applets, gerenciar dados (upload/download) e executar fluxos de trabalho usando o SDK Python dxpy. Suporta FASTQ/BAM/VCF para o desenvolvimento e execução de pipelines genômicos.

Use esta skill para criar, ler, editar ou manipular documentos Word (.docx), incluindo a formatação de documentos profissionais, extração de conteúdo ou gerenciamento de imagens.

Kit de ferramentas para árvores filogenéticas (ETE) para filogenômica, que oferece manipulação de árvores (Newick/NHX), detecção de eventos evolutivos, análise de ortologia/paralogia, integração com taxonomia NCBI e visualização (PDF/SVG).

Este kit de ferramentas web, impulsionado por Exa, é otimizado para conteúdo científico e técnico. Use-o para pesquisa na web, incluindo buscas semânticas e filtragem acadêmica, ou para buscar e extrair conteúdo de URLs como páginas, artigos e PDFs acadêmicos.

Realiza análise exploratória de dados abrangente em arquivos científicos de mais de 200 formatos. Detecta automaticamente o tipo de arquivo e gera relatórios detalhados em markdown com análises específicas do formato, métricas de qualidade e recomendações para análises futuras, auxiliando na compreensão da estrutura, conteúdo e qualidade dos dados.

Analisa arquivos FCS (Flow Cytometry Standard) v2.0-3.1. Extrai eventos como arrays NumPy, lê metadados/canais e converte para CSV/DataFrame para pré-processamento de dados de citometria de fluxo.

Um framework Python para simulações de dinâmica de fluidos computacional, suportando equações de Navier-Stokes (2D/3D), águas rasas e fluxos estratificados, além de análise de turbulência e dinâmica de vórtices. Ele oferece métodos pseudoespectrais com FFT, suporte a HPC e análise de saída abrangente.

Gere ou edite imagens usando modelos de IA (FLUX, Nano Banana 2). Use para geração de imagens de propósito geral, incluindo fotos, ilustrações, arte e arte conceitual, mas não diagramas técnicos. Para diagramas técnicos, use a skill scientific-schematics.

Esta skill é para tarefas de aprendizado de máquina com dados de intervalo genômico (arquivos BED), como treinamento de embeddings de região (Region2Vec, BEDspace), análise de ATAC-seq de célula única (scEmbed) ou construção de picos de consenso. Aplica-se a coleções de arquivos BED, dados de scATAC-seq e conjuntos de dados de acessibilidade da cromatina.

Esta skill abrangente em ciência geoespacial cobre sensoriamento remoto, SIG, análise espacial, aprendizado de máquina para observação da Terra e mais de 30 domínios científicos. Ela suporta processamento de imagens de satélite, operações com dados vetoriais e raster, estatísticas espaciais, processamento de nuvens de pontos, análise de redes e fluxos de trabalho nativos da nuvem.

Uma biblioteca Python para trabalhar com dados vetoriais geoespaciais, como shapefiles, GeoJSON e arquivos GeoPackage. É utilizada para análise espacial, operações geométricas, transformações de coordenadas e outras tarefas com dados geográficos vetoriais, suportando bancos de dados PostGIS e mapas interativos.

Esta skill detecta e relata recursos do sistema disponíveis (núcleos de CPU, GPUs, memória, espaço em disco) no início de tarefas científicas computacionalmente intensivas. Ela gera um arquivo JSON com informações de recursos e recomendações estratégicas para guiar decisões de abordagem computacional, como o uso de processamento paralelo ou computação out-of-core.

Realize consultas rápidas via CLI/Python em mais de 20 bancos de dados de bioinformática para buscas rápidas de informações genéticas, pesquisas BLAST, estruturas AlphaFold e análise de enriquecimento. É ideal para exploração interativa e consultas simples, sendo biopython ou bioservices recomendados para processamento em lote ou fluxos de trabalho avançados.

Envie e gerencie protocolos no Ginkgo Bioworks Cloud Lab (cloud.ginkgo.bio), uma interface web para execução autônoma de laboratório em Carrinhos de Automação Reconfiguráveis (RACs). Utilize para expressão de proteínas sem células, geração de pixel art fluorescente ou interação com os serviços do Ginkgo Cloud Lab, cobrindo seleção de protocolo, preparação de entrada, precificação e pedido.

Analisa e projeta a glicosilação de proteínas. Escaneia sequências para sequons de N-glicosilação (N-X-S/T), prevê pontos quentes de O-glicosilação e acessa ferramentas de glicoprojetos curadas (NetOGlyc, GlycoShield, GlycoWorkbench) para engenharia de glicoproteínas, otimização de anticorpos terapêuticos e design de vacinas.

Kit de ferramentas de alto desempenho para análise de intervalos genômicos em Rust com bindings Python. É ideal para trabalhar com regiões genômicas, arquivos BED, trilhas de cobertura, detecção de sobreposição, tokenização para modelos de ML ou análise de fragmentos em genômica computacional e aprendizado de máquina.

Esta ferramenta oferece extração e pré-processamento leve de tiles WSI, ideal para processamento básico de lâminas, detecção de tecido e normalização de coloração para imagens H&E. É mais adequada para pipelines simples, preparação de conjuntos de dados e análise rápida baseada em tiles, sendo pathml recomendado para aplicações avançadas.

Hugging Science é um catálogo curado de conjuntos de dados científicos, modelos, posts de blog e Spaces interativos, projetado para usuários envolvidos em trabalho de IA/ML em vários domínios científicos como biologia, química e física.

Geração e teste automatizados de hipóteses impulsionados por LLMs em conjuntos de dados tabulares. Use para explorar sistematicamente padrões em dados empíricos, combinando insights da literatura com testes de hipóteses baseados em dados.

Formula hipóteses estruturadas e testáveis a partir de observações ou dados experimentais, incluindo previsões, mecanismos propostos e designs experimentais, seguindo o método científico.

Consulte e baixe dados públicos de imagens de câncer do NCI Imaging Data Commons usando idc-index. Acesse grandes conjuntos de dados de radiologia (TC, RM, PET) e patologia para treinamento de IA ou pesquisa sem autenticação, consultando por metadados, visualizando no navegador e verificando licenças.

Crie infográficos profissionais com Nano Banana Pro AI, utilizando refinamento iterativo inteligente e Gemini 3 Pro para revisão de qualidade. Integra pesquisa e busca na web para dados precisos, suportando 10 tipos de infográficos, 8 estilos de indústria e paletas seguras para daltônicos.

Um kit de ferramentas abrangente para preparar a documentação de certificação ISO 13485 para Sistemas de Gestão da Qualidade de dispositivos médicos, auxiliando na análise de lacunas, criação de Manuais da Qualidade, desenvolvimento de procedimentos, preparação de Arquivos de Dispositivos Médicos e compreensão dos requisitos.