bio-rna-quantification-tximport-workflow

Name: bio-rna-quantification-tximport-workflow
Rating: 5 (1 reviews)
Author: bg-szy

Import transcript-level quantifications from Salmon/kallisto into R for gene-level analysis with DESeq2/edgeR using tximport or tximeta. Use when importing transcript counts into R for DESeq2/edgeR.

1estrelas

Atualizado há 18 dias

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Reference examples tested with: DESeq2 1.42+, Salmon 1.10+, edgeR 4.0+, kallisto 0.50+, scanpy 1.10+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

tximport Workflow

**"Import Salmon/kallisto results i

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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