Spatial Deconvolution
Estimate cell type composition in spatial spots using scRNA-seq references.
Required Imports
import scanpy as s
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# COPYRIGHT NOTICE
# This file is part of the "Universal Biomedical Skills" project.
# Copyright (c) 2026 MD BABU MIA, PhD <md.babu.mia@mssm.edu>
# All Rights Reserved.
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# This code is proprietary and confidential.
# Unauthorized copying of this file, via any medium is strictly prohibited.
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# Provenance: Authenticated by MD BABU MIA
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bio-spatial-transcriptomics-spatial-deconvolution
Estimate cell type composition in spatial transcriptomics spots using reference-based deconvolution. Use cell2location, RCTD, SPOTlight, or Tangram to infer cell type proportions from scRNA-seq references. Use when estimating cell type composition in spatial spots.
1estrelas
Atualizado há 18 dias
Como adicionar
/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS
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