pysam-genomic-files

Name: pysam-genomic-files
Rating: 5 (1 reviews)
Author: bg-szy

Read/write SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ. Region queries, pileup, variant filtering, read groups. Python htslib wrapper exposing samtools/bcftools CLI. Use STAR/BWA for alignment; GATK/DeepVariant for variant calling.

1estrellas

Actualizado hace 13 días

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#python

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Pysam — Genomic File Toolkit

Overview

Pysam provides a Pythonic interface to htslib for reading, manipulating, and writing genomic data files. It handles SAM/BAM/CRAM alignments, VCF/BCF variants, and FASTA/FASTQ sequences with efficient region-based random access. Also exposes samtools and bcftools as callable Python functions.

When to Use

Reading and querying BAM/CRAM alignment files (region extraction, read filtering)
Analyzing VCF/BCF variant files (genotype access, variant f

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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