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snakemake-workflow-engine

Python-based workflow manager for reproducible, scalable pipelines. Define rules with file-based dependencies; Snakemake resolves execution order and parallelism. Runs local, SLURM, LSF, AWS, GCP via profiles; per-rule conda/Singularity envs. For NGS pipelines, ML training, and multi-step file processing. Use Nextflow for Groovy dataflow or nf-core integration.

1estrellas
Actualizado hace 13 días

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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[![Listada na Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/snakemake-workflow-engine-bg-szy/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/snakemake-workflow-engine-bg-szy?utm_source=badge&utm_medium=readme&utm_campaign=badge)

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