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ai-science-geneformer-scgpt

Geneformer e scGPT para Modelagem de Células Únicas.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Geneformer and scGPT for Single-Cell Modeling

Architecture Overview

Geneformer (Theodoris et al., Nature 2023)

Pretrained on ~30M human single-cell transcriptomes.

Rank-value tokenization:

  • Rank all ~20,000 genes by expression per cell (highest = rank 1)
  • Keep top-K genes (K=2048) — eliminates dropout problem
  • Each gene → learned embedding vector; ordered sequence encodes cell state
  • Raw count values never seen — only gene ordering

Pretraining: Masked LM — predict maske

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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