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Modelos de Fundação Genômicos: Nucleotide Transformers, HyenaDNA e Evo com NumPy.

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Genomic Foundation Models: Nucleotide Transformers, HyenaDNA, and Evo

Tokenization Strategies

  • Character-level (A,C,G,T,N): highest resolution, long sequences
  • k-mer tokens (e.g., k=6): compressed representation; k=6 → 4096-token vocab, k=8 → 65,536 — use k≤6 for explicit k-mer tokenization
  • BPE/subword: data-driven token units (used in some genomic LMs)
  • Nucleotide Transformer: 6-mer tokens, stride=1, 4096-vocab; ~L/6 tokens per sequence — loses single-nucleotide re

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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