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algo-sequence-alignment

Implementa alinhamento de sequências global (Needleman-Wunsch) e local (Smith-Waterman), cobrindo o preenchimento da tabela de programação dinâmica (DP), rastreamento e matrizes de pontuação.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Sequence Alignment with Dynamic Programming

Global vs Local

| | Needleman-Wunsch (Global) | Smith-Waterman (Local) | |---|---|---| | Aligns | Full sequences end-to-end | Best matching sub-region | | Init | First row/col = cumulative gap penalty | First row/col = 0 | | Cell floor | No floor (can go negative) | Floor at 0 | | Traceback from | Bottom-right corner | Maximum cell in matrix | | Use when | Same-length homologs, full divergence | Domain search, read mapping |

DP Table Fill

F

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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