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arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

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Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Arboreto

Overview

Arboreto is a Python library from Aerts Lab for inferring gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data. It parallelizes tree-based ensemble regression (GRNBoost2, GENIE3) with Dask across local cores or remote clusters.

Core capability: Identify which transcription factors (TFs) regulate which target genes based on expression patterns across observations (cells, samples, conditions

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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