arboreto

Name: arboreto
Author: LeoLin990405

Dados e Análise

Autor: LeoLin990405

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

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Atualizado há 5 meses

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/plugin marketplace add LeoLin990405/claude-code-skills

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Arboreto

Overview

Arboreto is a computational library for inferring gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using parallelized algorithms that scale from single machines to multi-node clusters.

Core capability: Identify which transcription factors (TFs) regulate which target genes based on expression patterns across observations (cells, samples, conditions).

Quick Start

Install arboreto:

uv pip install arboreto

Basic GRN inference:

import

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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