bio-applied-advanced-ngs

Name: bio-applied-advanced-ngs
Author: Pavel-Kravchenko

Design e Frontend

Autor: Pavel-Kravchenko

NGS Avançado: algoritmos de montagem de genomas (OLC, grafo de de Bruijn), teoria de k-mers, tabela de seleção de montadores e uso da CLI de SPAdes/Flye/hifiasm.

3estrelas

Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Genome Assembly and Advanced NGS

Pitfalls

k-mer size is critical: Too small → ambiguous graph, unresolvable repeats. Too large → breaks at sequencing errors. Practical: k=31–127 for Illumina; SPAdes uses multiple k simultaneously.
OLC is O(n²) — not for short reads: Pairwise overlap computation is prohibitive for billions of Illumina reads. Use de Bruijn graph for short reads.
Repeat content breaks assemblies: Repeats longer than read length create irresolvable branches.

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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