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bio-applied-assembly-binning

Montagem metagenômica com MEGAHIT, agrupamento de contigs com MetaBAT2 e avaliação da qualidade de MAGs com CheckM. Inclui sinais de agrupamento, estratégia multi-amostra e níveis de qualidade MIMAG.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Metagenomic Assembly, Binning, and MAGs

References

Pitfalls

  • Discard short contigs before binning: Contigs < 1500 bp carry insufficient tetranucleotide signal for reliable binning. Use --minContig 1500 in MetaBAT2.
  • Multi-sample binning dramatically improves quality: Mapping all samples to the same assembly and providing a

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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