bio-applied-bio-data-formats

Name: bio-applied-bio-data-formats
Author: Pavel-Kravchenko

Dados e Análise

Autor: Pavel-Kravchenko

Referência rápida para formatos de arquivo de bioinformática — FASTA, FASTQ, SAM/BAM/CRAM, VCF, BED, GFF/GTF, BigWig, PDB, Newick — especificações, sistemas de coordenadas e padrões de análise.

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Format Quick Reference

| Format | Content | Coord system | Random access | Tools | |--------|---------|-------------|--------------|-------| | FASTA | Sequences | N/A | With .fai index | samtools faidx, BioPython | | FASTQ | Reads + quality | N/A | No (stream) | fastp, cutadapt | | SAM | Alignments (text) | 1-based | No | samtools, awk | | BAM | Alignments (binary) | 1-based | With .bai | samtools, pysam | | CRAM | Alignments (ref-compressed) | 1-based | With .crai | samtools, htslib | | VCF

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