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bio-applied-chipseq-pipeline

Pipeline de ChIP-seq que inclui controle de qualidade, alinhamento, deduplicação, chamada de picos com MACS2 e normalização de sinal com deepTools.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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ChIP-seq Processing Pipeline

Experiment Design Reference

| Experiment Type | Peak Shape | Recommended Reads | Example Marks | |---|---|---|---| | TF | Narrow (< 500 bp) | 20-40 M | CTCF, GATA1, p53 | | Active histone | Narrow | 30-50 M | H3K4me3, H3K9ac | | Broad histone | Broad (> 5 kb) | 40-80

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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