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bio-applied-cite-seq-integration

Integração CITE-seq e Multiome, incluindo normalização ADT (CLR/DSB), construção de grafo WNN e análise pareada de RNA+ATAC com muon.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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CITE-seq and Multiome Data Integration

ADT Normalization

ADT counts differ fundamentally from RNA: high background (~100-500 counts even in negative cells), no true zeros, bimodal distribution (negative + positive populations).

CLR (Centered Log-Ratio)

def clr_normalize(X):
    """X: cells x proteins matrix (raw counts).""

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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