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bio-applied-functional-annotation

Anotação Funcional de Metagenomas com NumPy

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Functional Annotation of Metagenomes

References: HUMAnN3 · bioBakery · MetaCyc

HUMAnN3 Overview

Three-stage workflow:

  1. MetaPhlAn4 taxonomic profiling — identifies species and abundances; selects pangenome DBs for step 2.
  2. Pangenome alignment (Bowtie2) — aligns reads against nucleotide pangenomes of detected species.
  3. Unaligned read translation search (DIAMOND) —

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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