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bio-applied-gene-regulatory-networks

Métodos de inferência de GRN: correlação, informação mútua (ARACNE) e random forest (GENIE3). Tabela de decisão para seleção de métodos, padrões de avaliação e principais armadilhas.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Gene Regulatory Network Inference

GRN vs PPI Networks

| Aspect | PPI Network | GRN | |--------|-------------|-----| | Edges | Physical protein binding | Transcriptional regulation | | Direction | Undirected | Directed (TF → target) | | Data source | Y2H, co-IP | Expression + ChIP-seq | | Databases | STRING, BioGRID | TRRUST, ChEA, DoRothEA |

Method Comparison

| Method | Captures | Pros | Cons | |--------|----------|------|------| | Pearson/Spearman correlation | Linear co-variation |

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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