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bio-applied-genome-assembly

Design e Frontend Autor: Pavel-Kravchenko

Algoritmos de montagem de genomas (OLC e grafo de De Bruijn), seleção de k-mers, tabela comparativa de montadores e uso de SPAdes/Flye/hifiasm.

3estrelas
Atualizado há 6 meses
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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Genome Assembly

Pitfalls

  • k-mer size is critical: Too small (k=2) → ambiguous graph, can't resolve repeats. Too large → breaks at sequencing errors, poor connectivity. Practical: k=31–127 for Illumina; SPAdes uses multiple k simultaneously.
  • Repeat content breaks assemblies: Repeats longer than the read length create irresolvable branches in the de Bruijn graph. Long reads (PacBio/ONT) are essential for repeat-rich genomes.
  • Short reads cannot use OLC: O(n²) pairwise overla

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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