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bio-applied-microbial-diversity

Análise de diversidade microbiana, cobrindo métricas alfa/beta, métodos OTU/ASV, atribuição taxonômica e comparação de comunidades. Utilize para dados de amplicons 16S ou microbioma.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Microbial Diversity Analysis

16S rRNA Primer Targets

| Region | Primers | Length | Notes | |--------|---------|--------|-------| | V4 | 515F/806R | ~250 bp | Earth Microbiome Project standard | | V3-V4 | 341F/785R | ~460 bp | Good taxonomic resolution | | V1-V3 | 27F/534R | ~500 bp | Alternative target |

Other markers: 18S (eukaryotes), ITS (fungi), shotgun metagenomics (full functional + taxonomic profiling).

OTU vs ASV

| Feature | OTUs (97%) | ASVs | |---------|-----------|------|

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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