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bio-applied-network-modules

Detecção de comunidades em redes biológicas usando algoritmos de Louvain/Leiden, modularidade Q, módulos de coexpressão WGCNA e exportação para Cytoscape.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Network Modules, Enrichment and Visualization

Community Detection Algorithms

| Algorithm | Complexity | Notes | |-----------|------------|-------| | Louvain | O(n log n) | Greedy modularity; can produce disconnected communities (bug) | | Leiden | O(n log n) | Fixes Louvain bug; preferred for publication | | Girvan-Newman | O(m²n) | Edge betweenness removal; slow, interpretable | | Spectral clustering | O(n³) | Principled, no resolution limit | | Infomap | O(m) | Best for directed networks

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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