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bio-applied-qiime2-16s

Dados e Análise Autor: Pavel-Kravchenko

Análise de amplicons de rRNA 16S com QIIME2, cobrindo desruidificação DADA2, atribuição taxonômica, diversidade alfa/beta e abundância diferencial. Utilize ao analisar dados de microbioma 16S.

3estrelas
Atualizado há 6 meses
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Como adicionar

/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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#ai

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QIIME2 16S Amplicon Workflow

All data stored as artifacts (.qza) with provenance tracking, or visualizations (.qzv) at https://view.qiime2.org.

Import Reads

Manifest CSV maps sample IDs to absolute FASTQ paths:

sample-id,absolute-filepath,direction
Sample1,/data/Sample1_R1.fastq.gz,forward
Sample1,/data/Sample1_R2.fastq.gz,reverse
qiime tools import \
    --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
    --input-path manifest.csv \
    --output-pat

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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