bio-applied-single-cell-scanpy

Name: bio-applied-single-cell-scanpy
Author: Pavel-Kravchenko

DevOps e Infra

Autor: Pavel-Kravchenko

Fluxo de trabalho completo de scRNA-seq com scanpy: QC, normalização, HVG, PCA, UMAP, agrupamento Leiden e detecção de genes marcadores.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Single-Cell RNA-seq Analysis with Scanpy

Standard Workflow

| Step | Function | Key Parameters | |------|----------|----------------| | Load data | sc.read_*() | File format | | QC metrics | sc.pp.calculate_qc_metrics() | qc_vars=['mt'] | | Filter cells | sc.pp.filter_cells() | min_genes, max_genes | | Filter genes | sc.pp.filter_genes() | min_cells | | Normalize | sc.pp.normalize_total() | target_sum=1e4 | | Log transform | sc.pp.log1p() | — | | Find HVGs | `sc.pp.hi

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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