Pipeline de chamada de SNP que inclui Trimmomatic, alinhamento com HISAT2/BWA-MEM2, chamada de variantes com samtools/bcftools e anotação com ANNOVAR.
/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics
O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.
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Recursos para auxiliar na redação de comunicações internas em diversos formatos preferidos pela empresa. Claude deve usar esta habilidade para criar relatórios de status, atualizações de liderança, newsletters, FAQs e outros documentos internos.
Monitora um pull request ou ciclo de revisão até que esteja pronto para ser mesclado. Ideal para acompanhar comentários, revisões e CI de PRs até a resolução de todos os problemas.
Execute um plano de implementação faseado usando subagentes. Use quando solicitado a executar, rodar ou levar a cabo um plano — especialmente um criado por make-plan.
Busca estrutural de código otimizada por tokens usando parsing AST do tree-sitter. Utilize para entender a estrutura do código, encontrar funções ou explorar uma base de código de forma eficiente, sem a necessidade de ler arquivos completos.
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Raw FASTQ reads
→ Trimmomatic (TRAILING:20, MINLEN:50)
→ HISAT2/BWA-MEM2 (alignment)
→ samtools (SAM→BAM→sort→index→depth)
→ samtools mpileup → bcftools call -cv (raw VCF)
→ ANNOVAR (annotation: dbSNP138, refGene, 1000G, GWAS, ClinVar)
→ Final annotated report
| Tool | Version | Purpose |
|---|---|---|
| Trimmomatic | 0.36 | Read quality trimming |
| HISAT2 | 2.1.0 | Read alignmen |
[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]