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bio-applied-spatial-transcriptomics

Transcriptômica espacial: carregamento de dados Visium, controle de qualidade espacial, grafos de vizinhança espacial, I de Moran para genes espacialmente variáveis e visualização de tecido com Squidpy.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Spatial Transcriptomics

Platform Comparison

| Platform | Resolution | Type | Key feature | |---|---|---|---| | 10x Visium | 55 um (~10-20 cells/spot) | Capture-based | H&E co-registration | | 10x Xenium | ~10 um (single-cell) | In situ sequencing | Targeted ~400 genes | | MERFISH | Sub-cellular | In situ imaging | Error-robust barcoding | | Slide-seq v2 | ~10 um | Capture-based | High-res bead array | | Stereo-seq | 500 nm | Capture-based | Ultra-high resolution |

AnnData Spatial Slot

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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