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bio-applied-taxonomic-profiling

Perfilamento taxonômico de metagenomas de shotgun: descontaminação do hospedeiro, classificação com Kraken2 e reestimativa de abundância com Bracken.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Taxonomic Profiling of Shotgun Metagenomes

16S vs Shotgun

| Feature | 16S amplicon | Shotgun | |---|---|---| | Resolution | Genus level | Species/strain level | | Functional info | No | Yes | | Host contamination | N/A | Major issue | | Cost/sample | ~$30-80 | ~$200-500 |

Host Read Removal

Tool: Bowtie2 with --un-conc-gz to output non-host read pairs.

Typical host contamination: gut 1-10%, skin 10-30%, BAL 40-80%, blood 60-95%.

Kraken2 Classification

Assigns reads to LCA of a

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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