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bio-applied-tf-footprinting

O footprinting de TF a partir de ATAC-seq abrange a análise de perfis de inserção de Tn5, o cálculo de pontuações de footprint, operações de intervalo com pybedtools e a criação de gráficos de acumulação.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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TF Footprinting & Chromatin Accessibility

Background

ATAC-seq: Tn5 transposase cuts and tags open chromatin. Nucleosome-free regions (NFRs) are cut frequently; nucleosome-occupied DNA is protected.

Footprinting: A bound TF blocks Tn5 at the binding site → local depletion of cuts at the motif center flanked by elevated cuts on either side.

| Feature | TF-bound sites | Unbound accessible sites | |---|---|---| | Cuts at motif center | Depleted (footprint) | Elevated | | Cuts flanki

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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