bio-applied-trajectory-analysis

Name: bio-applied-trajectory-analysis
Author: Pavel-Kravchenko

Design e Frontend

Autor: Pavel-Kravchenko

Análise de trajetória scRNA-seq: pseudotempo (DPT), abstração de grafo PAGA e velocidade de RNA (scVelo). Guia de decisão, parâmetros chave e armadilhas.

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Atualizado há 6 meses

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scRNA-seq: Trajectory Analysis and RNA Velocity

Method Overview

| Method | Tool | Input | Output | |--------|------|-------|--------| | Diffusion pseudotime (DPT) | scanpy sc.tl.dpt | k-NN graph + root cell | Pseudotime per cell | | PAGA | scanpy sc.tl.paga | Cluster labels + k-NN graph | Cluster connectivity graph | | RNA velocity (steady-state) | scVelo mode='stochastic' | Spliced + unspliced counts | Velocity arrows | | RNA velocity (dynamical) | scVelo mode='dynamical' | Splic

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