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bio-applied-variant-surveillance

Classificação de linhagens de SARS-CoV-2 (Pango), desconvolução de águas residuais com Freyja, rastreamento de mutações da proteína spike e ferramentas de pipeline de vigilância.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Variant Surveillance and Wastewater Epidemiology

Key Tools

| Tool | Purpose | Output | |------|---------|--------| | Pangolin | Lineage assignment from consensus | CSV with lineage + confidence | | Nextclade | Clade + QC + amino acid changes | TSV with quality flags | | Freyja | Wastewater lineage deconvolution | Lineage fractions per sample | | GISAID / outbreak.info | Lineage frequency tracking | Web API + download |

Pango Nomenclature

  • Root: A, B (early Wuhan)
  • Sub-lineages: B.1

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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