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bio-applied-viral-genome-assembly

Pipeline de montagem de genoma viral — sequenciamento de amplicons ARTIC, chamada de variantes iVar/LoFreq, detecção de quasispecies/variantes minoritárias, limiares de QC e principais armadilhas.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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Viral Genome Assembly and Variant Analysis

Sequencing Strategy Selection

| Strategy | Description | Use case | |----------|-------------|----------| | Amplicon (ARTIC) | Tiling PCR from known reference | SARS-CoV-2, HIV, Influenza | | Metagenomic (shotgun) | Unbiased, needs host depletion | Novel/unknown pathogens | | Hybrid capture | Probe enrichment | Low-titer (hepatitis, low-level viremia) |

Key distinction from bacterial/human assembly: viruses exist as quasispecies — a clou

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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