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bio-atac-seq-allele-specific-accessibility

Design e Frontend Autor: bg-szy

Detect allele-specific chromatin accessibility from ATAC-seq using WASP, GATK ASEReadCounter, or RASQUAL. Use when mapping cis-regulatory genetic variants from heterozygous SNPs, separating cis from trans regulation, building chromatin QTL (caQTL) maps, validating GWAS variant function with allelic imbalance, or detecting reference allele mapping bias before downstream analysis.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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Reference examples tested with: WASP 0.3.4+, GATK 4.4+, RASQUAL 1.1+, samtools 1.19+, bcftools 1.19+, vcftools 0.1.16+, plink 2.00+, MatrixEQTL 2.3+, QuASAR 0.1+, bowtie2 2.5+, bwa-mem2 2.2.1+.

Verify before use:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters

If code throws unexpected errors, introsp

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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