bio-atac-seq-atac-peak-calling

Name: bio-atac-seq-atac-peak-calling
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Call accessible chromatin regions from ATAC-seq data using MACS3 with ATAC-specific parameters. Use when identifying open chromatin regions from aligned ATAC-seq BAM files, different from ChIP-seq peak calling.

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: Bowtie2 2.5.3+, MACS3 3.0+, samtools 1.19+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

ATAC-seq Peak Calling

"Call peaks from my ATAC-seq data" → Identify open chromatin re

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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