bio-atac-seq-atac-qc

Name: bio-atac-seq-atac-qc
Author: bg-szy

DevOps e Infra

Autor: bg-szy

ATAC-seq library quality control -- TSS enrichment, FRiP, fragment-size periodicity, library complexity (NRF/PBC1/PBC2), mitochondrial fraction, and ENCODE 4 thresholds. Use when assessing whether an ATAC-seq library passes ENCODE acceptance criteria, diagnosing transposition artefacts, comparing Omni-ATAC vs standard prep quality, or selecting which replicates to drop before peak calling.

2estrelas

Atualizado há 4 meses

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Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm f

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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