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bio-atac-seq-atac-qc

Quality control metrics for ATAC-seq data including fragment size distribution, TSS enrichment, FRiP, and library complexity. Use when assessing ATAC-seq library quality before or after peak calling to identify problematic samples.

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Reference examples tested with: bedtools 2.31+, deepTools 3.5+, numpy 1.26+, pandas 2.2+, picard 3.1+, pyBigWig 0.3+, pysam 0.22+, samtools 1.19+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags

If code throws ImportError,

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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