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bio-atac-seq-enhancer-gene-linking

Design e Frontend Autor: bg-szy

Predict enhancer-gene regulatory connections from ATAC-seq using ABC, ENCODE-rE2G, HiChIP, or Cicero. Use when linking distal enhancers to target genes, choosing between contact-aware (ABC, ENCODE-rE2G), accessibility-only (Cicero), and orthogonal (HiChIP H3K27ac, EpiMap) approaches, validating predictions against CRISPRi-FlowFISH gold-standard, or building cell-type-specific regulatory maps for f

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#ai

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Reference examples tested with: ABC-Enhancer-Gene-Prediction 0.2.2+ (Engreitz lab), ENCODE-rE2G v1.0+ (2024 release), Cicero 1.20+, GenomicInteractions 1.36+, FitHiChIP 9.1+, hicpro 3.1+, FAN-C 0.9+, MACS3 3.0+, samtools 1.19+, bedtools 2.31+.

Verify before use:

  • CLI: <tool> --version then <tool> --help to confirm flags
  • R: packageVersion('<pkg>') then ?function_name to verify parameters
  • Python: pip show <package> then help(module.function) to check sig

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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