bio-atac-seq-nucleosome-positioning

Name: bio-atac-seq-nucleosome-positioning
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Map nucleosome center positions, occupancy, and fuzziness from ATAC-seq fragment-size patterns using NucleoATAC, ATACseqQC, DANPOS3, or scprinter. Use when characterizing nucleosome organization at promoters and enhancers, calling +1/-1 nucleosomes flanking NFRs, generating V-plots for chromatin structure visualization, or comparing nucleosome positioning between conditions.

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: NucleoATAC 0.3.4+, ATACseqQC 1.26+, DANPOS 3.1+, samtools 1.19+, pysam 0.22+, pyBigWig 0.3+, BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 1.4+, TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene 3.18+.

NucleoATAC is unmaintained since 2018 but remains the canonical ATAC-specific nucleosome caller; ATACseqQC, DANPOS3, and scprinter are actively developed alternatives. Verify versions before use:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatur

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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