bio-atac-seq-single-cell-atac

Name: bio-atac-seq-single-cell-atac
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Process and analyze single-cell ATAC-seq data with Signac, ArchR, SnapATAC2, or Cell Ranger ATAC. Use when handling 10X scATAC or 10X Multiome (paired RNA+ATAC) data, performing per-cell QC, choosing between ArchR/Signac/SnapATAC2 ecosystems, building per-cluster consensus peaksets, integrating with paired scRNA-seq, doublet detection (AMULET vs ArchR vs scDblFinder), or running pseudobulk differe

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: Cell Ranger ATAC 2.1+, Signac 1.13+, Seurat 5.0+, ArchR 1.0.2+, SnapATAC2 2.8+, AMULET 1.1+, scDblFinder 1.16+, scater 1.30+, scvi-tools 1.1+, GenomicRanges 1.54+, JASPAR2024 0.99+, BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 1.4+, EnsDb.Hsapiens.v86 2.99+, MACS3 3.0+. SnapATAC2 2.8+ uses pp.import_fragments; older 2.5-2.7 used pp.import_data (renamed/removed in 2.9).

Verify before use:

Python: pip show <package> then help(module.function) to

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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