bio-batch-downloads

Name: bio-batch-downloads
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Download large datasets from NCBI efficiently using EPost, history server, batching, rate limiting, and retry logic. Use when bulk-fetching tens of thousands of sequences, pulling all results of a large ESearch, designing reproducible pipelines, comparing E-utilities to NCBI Datasets v2 CLI, or implementing checksum-validated downloads. Encodes WebEnv TTL (~8h), EPost 200-ID limit, retmax caps, pa

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Version Compatibility

Reference examples tested with: BioPython 1.83+, NCBI Datasets CLI 16.0+, Entrez Direct 21.0+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show biopython then help(Bio.Entrez.efetch) to check signatures
CLI: datasets --version and efetch -version

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

Bat

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