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bio-biomart-queries

Dados e Análise Autor: bg-szy

Bulk-query Ensembl BioMart (and other BioMart instances) for cross-database ID mapping, gene/transcript/exon coordinates, and ortholog tables. Use when batch-converting Ensembl IDs to other namespaces (HGNC, RefSeq, UniProt, Entrez), pulling gene coordinate tables for thousands of genes, building ortholog wide-tables across species, or replacing slow Ensembl REST loops with one-shot bulk export. E

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Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Version Compatibility

Reference examples tested with: pybiomart 0.9+, R biomaRt 2.58+ (Bioconductor); Ensembl BioMart (release 110+)

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

  • Python: pip show pybiomart
  • R: packageVersion('biomaRt')

The BioMart XML query format is stable across Ensembl releases; the underlying mart names and attribute IDs can change between Ensembl releases. For published work, pin the Ensembl release via `useEnsembl(version=110

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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