bio-blast-searches

Name: bio-blast-searches
Author: bg-szy

Pesquisa e Web

Autor: bg-szy

Run remote BLAST searches against NCBI servers using Biopython Bio.Blast.NCBIWWW. Use when identifying unknown sequences, finding homologs, picking the correct BLAST program (blastn/blastp/blastx/tblastn/tblastx/psiblast/megablast/dc-megablast), interpreting Karlin-Altschul E-values, avoiding the max_target_seqs trap (Shah 2019), choosing composition-based statistics, or limiting searches by organ

2estrelas

Atualizado há 4 meses

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#ai #python

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Version Compatibility

Reference examples tested with: BioPython 1.83+, NCBI BLAST+ 2.15+

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show biopython then help(Bio.Blast.NCBIWWW.qblast) to check signatures
CLI: blastn -version then blastn -help

If code throws ImportError, AttributeError, or TypeError, introspect the installed package and adapt the example to match the actual API rather than retrying.

BLAST Searches (Remote)

**"

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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