bio-causal-genomics-colocalization-analysis

Name: bio-causal-genomics-colocalization-analysis
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Test whether two or more traits share a causal variant at a locus using Bayesian colocalization (coloc.abf, coloc.susie, HyPrColoc, moloc, eCAVIAR, SMR/HEIDI, PWCoCo, SharePro). Use when integrating GWAS with eQTL/sQTL/pQTL/mQTL, distinguishing shared causal variants from LD-driven coincidence, handling allelic heterogeneity, choosing between single-causal vs multi-causal methods, picking PP.H4 th

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Reference examples tested with: coloc 5.2.3+, susieR 0.12.35+, hyprcoloc 1.0+ (GitHub jrs95/hyprcoloc), SMR 1.3.1+ (CLI, cnsgenomics.com), eCAVIAR 2.2+ (compiled from caviar/eCAVIAR repo), PWCoCo 1.0+ (jwr-git/pwcoco), moloc 0.1+ (clagiamba/moloc), SharePro_coloc 7.0+ (zhwm/SharePro_coloc), R >= 4.1.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

R: packageVersion('coloc'); check ?coloc.abf, ?coloc.susie, ?runsusie
CLI: `sm

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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