bio-causal-genomics-genomic-sem

Name: bio-causal-genomics-genomic-sem
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Fits structural equation models to GWAS summary statistics using GenomicSEM (Grotzinger 2019), including common-factor models, confirmatory factor models, ESEM, common-factor GWAS with Q_SNP heterogeneity, multivariate Wald tests, and stratified GenomicSEM partitioned heritability. Reconciles results against MTAG multi-trait analysis. Handles sample overlap via the LDSC sampling-covariance matrix,

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#ai #test

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Desenvolvimento #ai #api por anthropics

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Reference examples tested with: GenomicSEM 0.0.5+ (GitHub GenomicSEM/GenomicSEM), lavaan 0.6-17+, LDSC v1.0.1+ (Python 3; prefer abdenlab/ldsc-python3 v2.0.0 -- belowlab/ldsc v3.0.1 README states the CLI is broken; Docker jtb114/ldsc:latest is the belowlab fallback), baselineLD_v2.2 annotations (alkesgroup.broadinstitute.org/LDSCORE), MTAG 1.0.8+ (Python; JonJala/mtag), R 4.4+.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ: -

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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