bio-chipseq-chromatin-state-segmentation

Name: bio-chipseq-chromatin-state-segmentation
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Segments the genome into chromatin states from combinatorial histone modification and chromatin factor ChIP-seq data. Uses ChromHMM (multivariate HMM on binarized signal, v1.27), Segway (Dynamic Bayesian Network on continuous signal), EpiSegMix (flexible-distribution HMM with duration modeling, 2024), EpiLogos (multi-biosample visualization), IDEAS (cell-type-aware joint), and full-stack ChromHMM

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Version Compatibility

Reference examples tested with: ChromHMM 1.27+, Segway 3.0+, EpiSegMix 1.0+, EpiLogos (Meuleman lab), IDEAS 1.20+, samtools 1.19+, bedtools 2.31+. ChromHMM requires Java 8+; runs as java -mx<MEMORY> -jar ChromHMM.jar <command>.

Chromatin State Segmentation

"Integrate multiple histone modification ChIP-seq tracks into chromatin states" -> Learn a small set of recurring combinatorial patterns of histone marks (active promoter, active enhancer, poised enhancer, p

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