bio-chipseq-cut-and-run-tag

Name: bio-chipseq-cut-and-run-tag
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Analyzes CUT&RUN (Skene Henikoff 2017) and CUT&Tag (Kaya-Okur 2019) chromatin profiling data. Handles SEACR vs MACS2 peak calling (with the btaf375 2025 benchmark guidance), pA-MNase vs pA-Tn5 vs pAG-Tn5 chimera differences, E. coli spike-in carryover normalization, IgG-only control logic (no input), characteristic fragment-size signatures (25-75 bp for CUT&Tag), and lower depth requirements (5M r

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Reference examples tested with: SEACR 1.4+, MACS2 2.2.9+, MACS3 3.0.4+, samtools 1.19+, bowtie2 2.5+, bedtools 2.31+, deepTools 3.5+, GoPeaks 1.0+, LanceOtron (pip).

CUT&RUN / CUT&Tag

"Analyze CUT&RUN or CUT&Tag chromatin profiling data" -> Use the lower-background, lower-input alternatives to traditional ChIP. CUT&RUN tethers MNase to an antibody via Protein A; CUT&Tag tethers Tn5 via Protein A/G. Both bypass cross-linking, fragmentation, and IP washes — produc

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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