bio-chipseq-differential-binding

Name: bio-chipseq-differential-binding
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Identifies differentially bound ChIP-seq regions between conditions using DiffBind, csaw (sliding windows), DESeq2/edgeR/PyDESeq2 on count matrices, NormR (control-aware), or MAnorm2. Distinguishes three distinct normalization problems (composition bias, trended bias, global shifts) and matches each to its appropriate fix including spike-in scaling. Use when comparing ChIP-seq binding between expe

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: DiffBind 3.20+, DESeq2 1.42+, edgeR 4.0+, csaw 1.36+, PyDESeq2 0.4+, NormR 1.28+, MAnorm2 1.2+, ChIPseqSpikeInFree 1.6+.

DiffBind 3.0+ changed defaults: summits=200 (was FALSE), dba.normalize() now required, blacklist filtering on by default, full library size normalization replaces reads-in-peaks. Always run packageVersion('DiffBind') and inspect dba.normalize(obj, bRetrieve=TRUE) to confirm what was applied.

Differential ChI

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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