bio-chipseq-motif-analysis

Name: bio-chipseq-motif-analysis
Author: bg-szy

Desenvolvimento

Autor: bg-szy

Discovers de novo motifs and tests known motif enrichment in ChIP-seq, ATAC-seq, or other peak sequences using HOMER, MEME-ChIP (STREME, CentriMo, TOMTOM, FIMO), monaLisa, and AME. Handles background selection (GC-matched, dinucleotide-shuffled, Markov order-2, peak-flanks), motif databases (JASPAR 2024 CORE PWMs, JASPAR 2026 deep-learning collection, HOCOMOCO v12, HOMER built-in), centrally-enric

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Version Compatibility

Reference examples tested with: HOMER 4.11+, MEME suite 5.5+ (STREME replaces DREME from 5.4+), monaLisa 1.10+, JASPAR 2024 CORE, HOCOMOCO v12, BioPython 1.83+, bedtools 2.31+.

DREME was removed from MEME suite 5.4+; use STREME instead. Some tutorials still reference DREME — verify the installed version via meme --version. JASPAR 2026 (released late 2025) integrates 1259 BPNet ChIP models in a Deep Learning collection; the CORE collection remains the standard PWM sou

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