bio-chipseq-peak-annotation

Name: bio-chipseq-peak-annotation
Author: bg-szy

DevOps e Infra

Autor: bg-szy

Annotates ChIP-seq peaks to genomic features, nearest genes, ENCODE candidate cis-regulatory elements (cCREs), and regulatory domains. Uses ChIPseeker (R), HOMER annotatePeaks.pl (CLI), pyranges (Python), GREAT/rGREAT (regulatory domain gene-set enrichment), ChIP-Enrich (locus-length-adjusted), ENCODE SCREEN cCRE classification (PLS/pELS/dELS/CTCF-only/DNase-H3K4me3), and ENCODE-rE2G for cell-type

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Reference examples tested with: ChIPseeker 1.38+, GenomicFeatures 1.54+, rtracklayer 1.62+, HOMER 4.11+, rGREAT 2.4+, chipenrich 2.26+, pyranges 0.0.129+, pandas 2.2+.

ENCODE cCRE registry expanded to 2.35M human and 927k mouse elements (Nature 2025; Vu Ernst expansion). SCREEN web app at screen.encodeproject.org provides browser access; ENCODE provides bed files for batch annotation.

Peak Annotation

**"What genes and regulatory elements do my peaks correspond to?"

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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