bio-chipseq-peak-calling

Name: bio-chipseq-peak-calling
Author: bg-szy

DevOps e Infra

Autor: bg-szy

Calls ChIP-seq peaks with MACS3, MACS2, HOMER, or SPP across narrow (TF) and broad (histone) modes. Handles input control matching, fragment-size modeling vs --nomodel, effective genome size, ENCODE-style IDR vs naive overlap, hyper-ChIPable artifacts, and aligner-specific shifts. Use when calling peaks from ChIP-seq alignments, choosing between narrow vs broad mode for a histone mark, deciding mo

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: MACS3 3.0.4+, MACS2 2.2.9+, HOMER 4.11+, SPP 1.16+, samtools 1.19+, bedtools 2.31+, IDR 2.0.4+.

Before running, verify versions: <tool> --version and <tool> --help to confirm flags. If a flag is missing, check the changelog — MACS2->MACS3 is API-compatible for callpeak but predictd, bdgpeakcall, and hmmratac differ.

ChIP-seq Peak Calling

"Identify protein-DNA binding sites from ChIP-seq alignments" -> Detect statistic

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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