bio-chipseq-super-enhancers

Name: bio-chipseq-super-enhancers
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Identifies super-enhancers from H3K27ac, MED1, or BRD4 ChIP-seq using ROSE, ROSE2, LILY, HOMER -style super, and ENCODE dELS cross-referencing. Handles peak stitching parameters, ranking choices, hockey-stick inflection, marker choice (H3K27ac vs MED1/BRD4), and cross-condition comparison with spike-in normalization. Constructs core regulatory circuitry (Saint-Andre 2016) from SE-encoded TFs. Use

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: ROSE (stjude/ROSE, 2018+), ROSE2 (linlabbcm/rose2, 2021+), LILY (BoevaLab/LILY, 2020+), HOMER 4.11+, samtools 1.19+, bedtools 2.31+, GenomicRanges 1.54+.

ROSE is unmaintained Python 2; ROSE2 is the Python 3 port with the same algorithm. LILY (Boeva 2017) is a refactored implementation with input-control background subtraction for low-quality H3K27ac data.

Super-Enhancer Calling

**"Identify super-enhancers driving cell identity / canc

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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