bio-chipseq-visualization

Name: bio-chipseq-visualization
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Visualizes ChIP-seq data using deepTools (computeMatrix, plotHeatmap, plotProfile, bamCoverage, bamCompare), pyGenomeTracks (modern INI-driven track plots), Gviz (R browser-style), EnrichedHeatmap (ComplexHeatmap-based), ChIPseeker tag heatmaps, and IGV batch screenshots. Handles bigWig normalization choices (CPM, BPM, RPGC, spike-in scaled), bamCompare operations (log2 ratio, subtract, SES), k-me

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Atualizado há 4 meses

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Version Compatibility

Reference examples tested with: deepTools 3.5+, pyGenomeTracks 3.9+, Gviz 1.46+, EnrichedHeatmap 1.32+, ChIPseeker 1.38+, IGV 2.17+, samtools 1.19+, bedtools 2.31+.

ChIP-seq Visualization

"Visualize ChIP-seq signal around features of interest" -> Generate normalized signal tracks (bigWig), heatmaps centered on TSS/peaks, average profile plots, and genome-browser views — with normalization that supports the biological claim (within-sample vs cross-sample vs spike

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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