bio-clinical-databases-msi-detection

Name: bio-clinical-databases-msi-detection
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Calls microsatellite instability from WES/WGS/targeted-panel with MSIsensor, MSIsensor-pro, MSIsensor-ct (panel-aware), MSIngs, MANTIS, MSIPanel, MSIDetect, and ngsMSI for FDA pembrolizumab MSI-H pan-tumor / Lynch syndrome / dMMR ICI biomarker. Use when stratifying ICI eligibility (Le 2015), pairing MSI with TMB-H (Sha 2020 / Salem 2018), screening Lynch syndrome (universal IHC + MSI), or distingu

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Atualizado há 4 meses

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Reference examples tested with: MSIsensor-pro 1.2+, MSIsensor 0.6+, MSIngs 1.0+, MANTIS 1.0.5+, samtools 1.19+, mSINGS 5.6+, pandas 2.2+, cyvcf2 0.30+. FDA pembrolizumab MSI-H / dMMR pan-tumor approval is from 2017 (Le 2015 NEJM; KEYNOTE-016/164/158); approval extended to colorectal first-line in 2020.

Before using code patterns, verify installed versions match. If versions differ:

Python: pip show <package> then help(module.function) to check signatures
CLI:

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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